終於來臨的天使
2015年，剛剛正式返回NERV上班的美里，便接到一項任務：接碇司令——不，應該說是碇源堂的兒子、碇真嗣來總部。
原本以為這緊緊只是接待任務，沒想到就在此時，被稱為第三使徒的未知生命體來襲。這一切發生得太突然，雖然NERV為這一天做了萬全準備，但當危機真正降臨，仍讓人感到不知所措。
第三使徒沙基爾，軍方當時動用了所有常規武器，最後甚至用上威力強大的N2地雷，卻似乎毫無用處。可以說，第三使徒毫髮無傷。
當時的日本軍方已經無計可施，而碇源堂與冬月教授雖然看過《死海文書》的記載，但畢竟這是親眼所見——這就是AT力場，能防禦任何攻擊的絕對領域。
軍方在無計可施後，終於將戰鬥指揮權交給NERV，由總司令碇源堂負責。雖然表面胸有成竹的碇源堂，其實內心一點把握也沒有：因為現在NERV只有兩台試驗型EVA，駕駛員也僅有第一適格者綾波零；並且，就在不久前零號機測試中發生事故，她重傷無法作戰。
就算零帶傷上陣，現在能出擊的只有初號機，但零與初號機是否能同步還很難說，接受這樣的戰鬥完全就是賭博。
可是，碇源堂還有最後的希望：由於之前自己妻子碇唯的靈魂被初號機吸收，所以他推薦自己兒子——被選為杜克機關的第三適格者——來試著駕駛初號機。
可是，這一切都很不順利：就在真嗣剛剛抵達第三新東京市，第三使徒突然出現，所以碇源堂只好派美里去接回碇真嗣。
當美里帶著真嗣進入NERV的地下基地時，真嗣感到震驚——這裡已經和之前的GEHIRN變得大不相同。就連美里也對那複雜的地圖有些無從下手，最後還得求助赤木律子。
得知碇真嗣來了，碇源堂立即去與他見面，將手頭工作暫時交給副司令冬月耕造。這可是這對父子三年來第一次會面。
其實，即使有碇真嗣駕駛，成功啟動初號機的機率也只有萬億分之一。就算這麼小的機率，也要試試；不然，今天就會是人類滅亡之日。
美里與律子將真嗣帶到初號機存放地點，初號機是人類最後的王牌。正當真嗣滿腦子都是問號時，忽然碇源堂出現了。
碇源堂看到真嗣，立即下令啟動EVA。這讓美里沒有理解碇司令的意圖，以為是要啟動零號機；可是，原來碇源堂要啟動的其實是初號機，而且就是讓剛剛到達的碇真嗣駕駛。
可是，美里無法理解：就連第一適格者綾波零都要7個月才能與零號機同步，碇真嗣只是初來乍到，根本不可能操控初號機。而律子的意思只是讓他坐入駕駛艙就可以，僅此而已——現在消滅使徒是第一任務，所有可能啟動EVA的機會都不能放過。
可是，真嗣無論如何也不願意駕駛。使徒已經發現了他們的藏身之處，時間緊迫，碇源堂立即叫冬月喚醒綾波零駕駛；不過，這時第三使徒發出了猛烈攻擊，使得鋼筋振落，眼看就要砸中碇真嗣時，初號機竟然用手臂擋住了墜落的鋼筋。沒有插入栓，它竟然自己會動——它在保護真嗣。
碇源堂看到這一幕，嘴上露出了笑容：唯的靈魂果然在初號機中，這是母親保護兒子的天性。
果然，碇真嗣作為駕駛員後，成功啟動初號機；並且，在沒有穿戰鬥服的情況下，竟然同步率達到41.3%，沒有失控現象，這簡直是奇蹟。
雖然最終奇蹟發生，初號機擊敗了第三使徒，但當時初號機的暴走失控行為，讓人產生了疑慮。並且，SEELE在開會中提出，零號機與初號機的維修費太貴，足以讓一個國家破產。
而且，也提出對碇源堂讓自己兒子作為駕駛員產生疑慮；不過，基路議長認為一切都要以碇源堂提出的人類補完計劃為重，已經沒有退路了——因為使徒現在來了，人類已經沒有時間了。
這次的勝利，讓美里等人看到了人類的曙光：或許EVA真的可以為人類帶來勝利。
真嗣雖然來到了NERV，但是依然不能與父親同住——這對父子沒有對方的生活，才是常態。所以，美里決定讓真嗣與自己同住，並帶他看了第三新東京市的真實面貌。
雖然得到了第一次勝利，但多少都有運氣成分；真正要迎戰使徒，必須將之前試驗失敗的零號機修好，並再次與綾波零做同步試驗。
雖然這對那些孩子——也就是駕駛員——很殘忍，但是碇源堂說：沒有其他人可以駕駛EVA，只要他們還活著，這就是他們的任務。
人與人的心之壁
在使徒沒有來的日子，他們要不斷進行測試。EVA平時是用電纜供電的，也可以轉換內部電池工作；由於當時技術原因，EVA在高強度工作下只能運作一分鐘，省電模式可以運行5分鐘。
美里給了真嗣一支手機，可是真嗣好像沒有使用，並且也沒有人打給他，看來他上學兩週依然沒有朋友。當時的手機和現在不同，我想如果是智慧型手機，應該會使用吧——起碼可以替代他一直在聽的Walkman。
真嗣明顯是不會如何交友，就像「刺蝟困境」：兩隻刺蝟要是彼此取暖的話，就會刺傷對方；孩子長大的過程，就是不斷地嘗試，直到找到不會傷害對方的適當距離。
這個問題，可以說是整個EVA的主軸。我在解說新劇場版「那些孤獨的靈魂」中也有提到，沒看過新劇場版解說的朋友可以去看看，新劇場版的上下兩部。
在真嗣的學校，第二次衝擊是官方公布版本：高質量隕石撞向南極造成，並且使得地球軌道偏離、全球氣溫異常，有近半人類或各種生物消失。當然，如果把人類將會滅亡的事實說出，人類社會秩序將無法維持。
但好景不長，很快第四使徒夏姆謝爾——「晝之天使」——來襲。現在零號機依然還未能啟動，所以只能由初號機迎戰。
意想不到的是，距離第二次衝擊間隔了15年，而距離上次戰鬥僅僅只有三個星期。現在碇司令不在，戰鬥由冬月副司令指揮。在第三使徒來襲時受到挫敗的軍方，這次依然不死心，率先用常規武器攻擊使徒。
這在冬月副司令眼中，就是浪費納稅人的稅金——明知道沒有用，依然要這麼做。
幸好，這次的真嗣已經經過了三個星期的特訓；不過，畢竟缺乏實戰經驗，一上場就被擊倒，而且更不幸的是電源被切斷，活動時間只剩下4分53秒。
這不僅讓真嗣不知所措，就連美里也是第一次遇到；就在這時，她發現有兩個人偷偷觀戰，美里調閱資料後，發現原來這兩個人是真嗣的同學。
而在緊迫的時間壓力下，美里立即決定讓那兩人進入駕駛艙，並立即撤退，之後再重新出擊。而美里的這個行為，直接引來技術部的赤木律子不滿：「怎麼可以隨便讓未經允許的人進入插入栓？你的行為越權了，葛城上尉。」
可是，美里依然不顧律子的警告，下令打開插入栓讓兩人進入。結果，兩人進入後，神經電路發生異常；律子說，這是因為插入栓中多了兩個異物，神經脈搏出現干擾。
這裡，美里的行為顯得有些衝動：雖然她是為了拯救無辜的人，可是EVA正在試驗中，而且EVA講求駕駛員與EVA的同步率；因為這兩人進入而導致嚴重後果，或因為拯救兩人浪費了電力，不是更糟嗎？要知道，當時零號機還不能使用，這樣直接有可能會造成人類滅亡——其實，使徒的目標不是人類，只要引開使徒，就可以救下兩人。
這時，美里立即叫真嗣撤退，但是沒想到真嗣竟然違背命令，拿起高震動離子刀衝向了使徒；就在電力耗盡前，殲滅了第四使徒。
這次的險勝，美里不但沒有稱讚真嗣，還認為真嗣不聽命令的行為會讓他送命；沒想到，五天後，真嗣竟然離家出走。
這一切的確對一位14歲少年非常殘忍，但是別無選擇。雖然美里希望真嗣不要再回來——如果駕駛EVA帶來的只有痛苦。但是現實是，真嗣是無可替代的，全人類的命運需要一個14歲的孩子來承擔。問題是，第四適格者還未找到，所以真嗣走後沒有替代者，只能讓零嘗試啟動初號機。
就在這時，美里突然明白了真嗣之前說的話：那是在刺蝟困境中保護自己的防衛機制，那並不是他真心的想法，真嗣其實並不是真的想離開NERV。在美里的主動出擊，終於打開了真嗣的心之壁，真嗣回來了。
人類已在實戰中做好準備
世界上有很多事情都無法解釋：由於第三使徒消滅時自爆，所以可研究的很有限；可這次的第四使徒有完整的屍體，NERV對其研究來了解使徒，律子告訴美里，其實使徒的DNA與人類的相似度是99.89%。
就在零號機再次啟動試驗有成果時，第五使徒雷米爾——「雷天使」——來襲。雖然零號機啟動成功，但是還不能戰鬥，所以依然先用初號機應戰。
沒想到的是，初號機剛一升出地面，就被第五使徒用高能量粒子炮擊中核心，造成真嗣受到傷害，需要急救。
看來，這是一個非常棘手的對手。美里嘗試用EVA 1:1模型以及自動臼炮反覆測試，掌握了第五使徒的一些規律。可是，現在零號機還有一些錯誤回饋，無法進入戰鬥，而初號機駕駛員也還未清醒。
在看似走到絕路時，美里想到了一個大膽的方案；經過MAGI的運算，兩票贊成、一票有條件贊成。雖然成功率僅有8.7%，但是得到了碇司令的支持。
我們在上一部影片中提到，MAGI是由三部分組成，分別代表三個不同人格的律子母親。任何重大決策，MAGI的三個部分進行獨立判斷。就像擁有三部AI相互博弈，只要有一個否定命令，都無法執行。
不過，要順利執行美里的想法，還要解決兩個問題。
第一個是，因為EVA專用的陽電子炮無法承受高功率，所以美里帶著零號機去戰略自衛隊技術研究所，借用自行驅動陽電子炮原型。另一個問題是要攻破使徒的AT力場，需要180千兆瓦的電力，美里決定徵用全日本的電。
在綾波零的掩護下，真嗣終於消滅了第五使徒。
與此同時，遠在德國的第二適格者明日香，也準備調來日本。她駕駛的二號機，是在零號機與初號機之後，正式用於實戰的機體。
當然，第二適格者明日香之前就與美里相處過，她覺得美里很做作。明日香非常喜歡加持良治，她當然不知道加持良治與美里之間的關係，但是她已經做好了為加持「獻身」的覺悟。可惜的是，加持並不是會對未成年女孩下手的渣男。
匯合後的NERV，將進入最強的陣容：零號機與初號機再加二號機，似乎是給人類吃了一顆定心丸。貌似，人類終於有了擺脫滅亡命運的能力。
可是，所有人類——包括各國政府——都不知道的是，現在所做的一切不是單純的保護人類，所有的一切，都是按照碇源堂與SEELE指定的人類補完計畫進行。
與SEELE的鬥爭序幕
第二適格者就是明日香，而美里的前男友加持良治，就是負責帶明日香與二號機來日本的人。二號機用了一個航母戰鬥群護送，在這期間，遇上了第六使徒迦基爾——「魚之天使」。
美里臨時想到，利用戰艦下沉，進行近距離射擊的方式，將第六使徒殲滅。在這裡，我們可以看到在大海下，曾經是繁榮的都市，看來應該是海水上漲形成的結果。
但是，如果南極大陸上的冰川全部融化，是會引起海平面上升——因為那些冰川的體積原本在大陸之上，如果這些冰川液態化流入海中，的確會使得海水上升。
但是，如果是動畫裡面的情況，整個南極大陸消失的話，理論上海水不但不會上漲，反而會下降；不過，要注意的是，冬月在進入GEHIRN的地下空間時說過一句話：這個地下圓形空間與南極地下空洞很像。也就是說，雖然南極大陸消失，但是南極下方出現了圓形巨大空間，所以這很可能就是海水上漲的原因。
這次兇險萬分的旅程，航母戰鬥群表面上是在保護EVA二號機，其實使徒出現的真正原因是，因為碇源堂委託加持良治暗中夾帶的東西。
一般使徒的目標每次都是NERV第三新東京市總部，可是這次去襲擊二號機十分罕見。加持良治到底帶了什麼，會吸引使徒的攻擊呢？答案就是胚胎化的亞當，用增強樹脂覆蓋，但依然活著。
這是加持良治從SEELE那裡，為碇源堂偷來的。此時的碇源堂，已經對
SEELE產生了異心，但是只有冬月副司令知道他的想法；在加持良治離開後，冬月問碇：「加持良治可不可以信任？」碇源堂與冬月，已經悄然開始了自己不同於SEELE的計畫。
可以想到，這兩個男人預謀的，一定是與一個人有關——那就是唯。碇源堂告訴SEELE的人類補完計劃，僅僅是第一步。
加持良治的回歸，使得同期加入GEHIRN的三人再次走到一起：美里、加持良治與律子，終於在GEHIRN改名NERV後，重遇相見。
可是，美里從加持良治身上感覺到的，不單單是重逢的愛，還有她不知道的秘密——是SEELE與碇源堂的秘密。
一直處於防守的人類，終於找到進攻使徒的機會。碇源堂與冬月真正的計畫是什麼？加持良治是為碇源堂還是SEELE工作？SEELE又有什麼方法控制碇源堂？接下來繼續跟著葛城美里的視角，去揭開一切的謎團吧。
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