就在這電光石火之間，零與瑪莎擦肩而過，兩人背對背同時停止動作。
零手中的木刀已經斷裂，脖子上劃出一道傷口，還好沒有割到動脈，否則後果不堪設想。
瑪莎忍痛說道：「零，你果然很厲害……我不會放過你的，直到戰勝你為止。」說完便捂住胸口倒地。原來零的木製忍者刀直接擊斷了瑪莎的右側肋骨。
這一幕全被詩織看在眼裡，她心中默默對零產生了好感，也在她心底埋下了愛慕的種子。
就在此時，忍者村突然響起刺耳的警報聲。班長、鷹等人也停止了戰鬥，大家都不知道發生了什麼事。樹林中的學員紛紛趕回操場。
班長跑到零身邊，背起受傷的瑪莎說：「今天的捲軸任務到此為止。這個警報我從未聽過，一定是忍者村發生重大事件了。」
皐月點頭道：「沒錯，如果有事，我們要盡快回去幫忙。」
說完眾人立刻朝操場方向跑去。他們沿著之前留下的五色米標記前進，避免在森林中迷失方向。跑了一陣後，終於回到伊賀忍者村三班的操場，眼前的景象卻讓所有人目瞪口呆。
操場上到處都是來自不同班級的學員，他們手持真正的忍者刀四處破壞。一見到教官便一擁而上發動攻擊。教官雖然擊倒了一些學生，但因人數過多，只好一邊勸說一邊後退。
「到底發生了什麼事？這些學生怎麼會攻擊教官？」班長驚訝地問道。
沙暴對班長說：「我早就跟你說過，現在有反教官組織，只是沒想到他們會直接發動暴動。」
鷹不解地問：「那他們為什麼要暴動？這樣做很可能要被監禁的。」
皐月冷笑一聲：「你們這些單名人當然無法理解我們雙名人的痛苦。你們會佔用大量畢業名額，而我們人數多、名額少，要畢業簡直難如登天。」
毒蛇也點頭附和：「沒錯。如果不能畢業，我們就無法恢復普通人身份，一輩子只能在匿名者的機構裡做卑微的工作，和監禁沒什麼區別。所以大家才拚命想畢業，就算不當匿名者，至少能成為普通的獵人。」
班長抓抓頭說：「這麼說，這是一場捍衛自由的暴動了？那我們應該站在哪一邊？」
「你們別把叛亂者說得這麼偉大。不管他們的訴求有沒有道理，既然在忍者村，就應該遵守這裡的規矩。否則以後學員一有不滿就暴動，忍者村就永無寧日。」鷹立場堅定地說。
「鷹，你體會不到他們的痛苦。」皐月反駁。
鷹一把拽住皐月的衣服：「那妳也是叛黨？」
皐月甩了鷹一巴掌：「有本事你就殺了我這個叛黨！」
零和詩織趕緊分別拉開兩人。這時瑪莎忍著劇痛說道：「如果伊賀忍者村的校長不重視這次暴動，以後就會越來越難管理。這種地下組織只會越來越多。光靠高壓手段只能換來表面穩定，問題只會被掩蓋，將來會形成更大的炸彈。就像我們摩薩德，早就取消畢業限額了，這樣才算公正。」
「瑪莎，你說得太好了。我心裡已經有答案了。」班長鬥志高昂地喊道。
鷹搖搖頭：「簡直是蠢才。如果失敗，大家的前途就全毀了。」
「咚咚咚……」急促的敲門聲響起。
這裡是伊賀忍者村校長室。田中先生在室內大喊：「快進來！」
一位穿著教官制服的女教官志野先生走進來，立刻向田中報告：「是暴動。從十班開始，他們趁今天分組訓練的機會，突然發動反教官示威，隨後蔓延到各班。一開始我們派出衛兵鎮壓，想迅速壓住勢頭，沒想到反而刺激他們演變成真正的暴動。」
田中先生一拍桌子怒吼：「這哪是暴動？這根本就是叛亂！」
「可是田中先生，他們的訴求只是想取消畢業配額而已。」志野先生為學員辯解。
田中先生臉色鐵青：「你的意思是這些人叛亂有道理了？我們是什麼機構？說難聽點，我們是培養刺客和間諜的機構！這裡只有紀律，別跟我談什麼爭取自由，那些都是謬論。」
「田中先生您說得有理，但匿名者的宗旨是『嚴懲惡人，不作惡』。這些學員並非惡人，我們也不能這樣對待他們。」志野先生繼續反駁。
田中先生聽後說：「好吧，志野先生，現在我派你去和那些學員談判。如果談判失敗，你就親自帶兵全面鎮壓叛亂。」
志野先生無法說服田中，只好接下任務。這也算是給了她一次說服學員的機會。
志野先生離開後，田中突然接到一通電話，神情變得更加嚴肅。他立刻撥給十班教官柳生先生，要求封鎖所有消息，不能讓事態惡化，包括禁止餐廳內的言論自由。接著又打電話給一班教官武藏先生，讓他隨時準備接替志野，用武力鎮壓叛亂學員。
田中心裡清楚，志野先生偏向學員，這次談判不可能有成果。因為他早已決定，一步都不會向學員退讓。
志野先生還滿懷希望地準備與學生進行和平談判。她先讓人推倒廣場上分割班級的牆壁，將暴動的學員集中起來，然後站在課桌上對大家喊道：「伊賀忍者村的學員們，我是九班教官志野，代表校長前來與你們談判，希望大家能和平解決問題。」
在一片混亂中，一個人影從人群中走出，正是八班的雷門。此時零和皐月等人也混在人群中，而班長和鷹已送瑪莎去就醫。
雷門走到志野先生面前說：「我就是反教官聯盟的負責人。其實沒什麼好談的，只要取消名額制度，改為純分數制，否則我們絕不罷休。」
詩織小聲問道：「這位雷門不是有點弱智嗎？怎麼今天說話這麼俐落？」
皐月開玩笑說：「看來我們一直都被他騙了。沒想到他竟然是反教官聯盟的首領。這樣算不算跟著一個弱智搞起義啊？是不是，零？」
零沒有回答，只是默默注視著前方。其實零並不像班長那樣充滿正義感，他一向聽命行事，根本不明白這場動亂的意義。
志野先生從課桌上下來對雷門說：「我非常同情你們的處境，也明白你們為何走到這一步。我一定會說服校長接納你們的條件。但你們要明白，我們畢竟是培養精英的地方。即使改為分數制，分數線也會比較高，不可能人人都能畢業。」
雷門點頭：「這我們明白。這樣大家都會努力。不管分數線多高，至少是公平的比試和評分，就算最終不能畢業，也怨不得人。」他的話贏得一片掌聲。
志野先生拍拍雷門的手臂：「說得好，我也認同大家的看法。但你們必須要有策略，和平理性地爭取訴求。我們伊賀忍者村絕不容忍暴力。」
有學員喊道：「我們也想和平抗爭，但你們完全不理會我們的訴求！」
「你們放心，我保證會說服校長。但你們要有耐心，給我和校長周旋的時間。」志野先生耐心地向大家解釋。
志野的努力沒有白費，她的言論獲得許多學員支持，雷門也答應給她時間去和校長談判。這時突然有人遞給志野先生一部電話，是校長打來的。
志野先生滿懷信心地接起電話，還在思考如何說服田中，卻還沒開口就聽到電話裡傳來開始鎮壓叛黨的命令。
她想嘗試改變田中的想法，卻反覆聽到鎮壓的指令。志野先生大聲拒絕。緊接著一聲槍響，志野先生左肩中槍倒地。
大家立刻圍上來保護志野先生。在混亂中，一班的武藏先生帶著士兵出現，喝道：「志野，你串通外部勢力挑撥學員造反，現在你已經不是這裡的教官了！」
「你說什麼？我串通什麼外部勢力？」志野反問。
「你和英國方面聯手想改變伊賀忍者村的秩序，就是叛變！」武藏先生又對學員們喊道：「你們現在自動散開就不會有事，否則全部當作叛亂者，殺無赦！」
此話一出，激起學員強烈反彈。他們紛紛拔出忍者刀，準備以死相搏。武藏見勢不妙，立刻命令大批手持槍械的士兵進入。這些士兵都是護衛軍團的人，算是這些學員的師兄。學員的戰力根本無法抵抗，但他們依然絕不妥協。
此時在校長室，田中先生也十分不安。在他的立場上，絕對不能對學生妥協，一旦開了先例就再也無法管制。匿名者是地下組織，除了暗黑獵人外，所有獵人都受國際情報局管理。只有匿名者例外，因此必須維持極嚴格的紀律。
英國摩薩德和美國林肯基地能改用記分制，是因為他們有後勤兵團可以接收大量畢業生。而日本伊賀忍者村只有需求最少的調查兵團和刺殺兵團，畢業生過多就無法分配，許多人會變回普通獵人，這對匿名者組織來說極不安全。
這時，一位白髮蒼蒼的老人走進校長室。田中先生立刻起身鞠躬：「鬼塚大人，沒想到您會大駕光臨。」
鬼塚準人是匿名者的最高指揮官，統領四個軍團。他問田中：「你對這件事有什麼準備？鎮壓之後如何善後？」
田中低頭道：「一切聽從鬼塚大人的安排。」
之前與田中通電話的人正是鬼塚。這次行動也完全按照鬼塚的意思進行。
鬼塚嚴厲地說：「現在棘手的問題是要淡化單名與雙名的衝突，因此必須編造一個故事，掩蓋他們真正的訴求。」
田中立刻回答：「我知道該怎麼做了。」
廣場上，一批學生護送受傷的志野先生撤離。在混亂中，雷門被擊斃。學員開始兩極分化，一部分衝上去與士兵拚命，另一部分則四散躲避。
零忽然在人群中看到琅琊的身影。他想把琅琊拉走，但混亂中根本無法靠近。零眼睜睜看著琅琊拿出忍者刀，用布將刀和手綁在一起，衝上去襲擊士兵。就在那一瞬間，琅琊的頭被斬了下來，這一幕深深烙印在零的眼中。
零不明白琅琊為什麼要這麼做。以他的成績，就算改成分數制也畢不了業，明明沒有好處，為何還要用生命去爭取？
但這件事深深觸動了零的心靈。一直以來對生死都沒什麼感覺的零，親眼看見天天相處的同學就這麼死去，實在無法接受。他握緊手中斷裂的木製忍者刀，衝上去幫助那些學生抵抗士兵。
零的憤怒讓他將所學發揮到極致，很快便擊倒好幾名手持真刀與步槍的士兵，多數都是被他打斷骨頭。
零的舉動迅速引起關注，消息很快傳到田中和鬼塚那裡。
田中驚訝地問：「零是單名人，為什麼會參與叛亂？」
「不用管細節，正好可以用他當替罪羊。叛亂平定後，我們抓一個單名人判重罪，就不會讓雙名人覺得我們偏心。這場叛亂不是正義抗爭，而是少數人勾結外部勢力挑撥起來的。」鬼塚一邊思考一邊想出完美方案。
田中恭敬地說：「不愧是鬼塚大人，真是完美的計畫。不過零這孩子，這個年紀就能擊退護衛兵團，將來必成大器。若善加培養，可為匿名者所用。」
鬼塚點頭：「的確，但前提是要確認他是否有異心。」田中再次鞠躬，恭送鬼塚大人離開。
零的奮戰成為學員的強心針，局勢越來越失控。士兵開始改用遠距離槍擊，避免近身作戰。畢竟學員大多還只是初級水平，無法熟練躲避子彈，很多學生中槍身亡。
零利用操場上的訓練木樁擋住子彈，但這不是長久之計。學員一方很快被完全壓制，最勇猛的已戰死，剩下的都被士兵按在地上制伏。零也不例外，被四名士兵壓制在地。
班長把瑪莎送去醫療室後回到操場時，暴動已平息。他本是最想參與暴動的單名人，卻因機緣巧合，讓零代替了他。
之後的忍者村失去了以往的自由氛圍。起義失敗換來更高壓的管理。餐廳也有士兵把守，不僅無法打探消息，就連吃飯時說話都不被允許。再加上學員普遍不相信官方對事件的說法，更不相信零是幕後黑手。
整個伊賀忍者村陷入惡性循環。學員不再敢正面抗命，轉為暗殺行動。第一個被殺的就是下令開槍的武藏先生。為防範教官被刺殺，每班後來都增派兩名教官看守。
零的日子更加艱難。他這次沒有被關水房，而是被關進一個小到只能坐著睡覺的牢房，而且還會不定時被拖出去毒打。若不是田中暗中保他，他可能早已被判死刑。即使如此，鬼塚下令要嚴刑拷打這些叛亂者，田中也不敢抗命。
田中一直認為零是不祥之人。零的母親「宮」是田中最得意的弟子，非常聽從命令。但她與「平成」交往後就變了。平成是個極具使命感的人，很多方面不認同田中，甚至違抗禁令偷取秘術去拯救小村落的村民，最終兩人都死在那場戰鬥中。
但畢竟宮生前託付田中照顧她的孩子，所以田中給孩子取名「零」，希望他能平淡度過一生。因此田中平時對零非常嚴苛，從不鼓勵他，甚至明明看到他的天賦，也常說不看好他能畢業。
不管怎樣，田中都不希望零死去，才敢在鬼塚面前誇獎他。但田中非常清楚鬼塚的為人，這等於是把零送進另一個地獄。
零對這一切毫無所知。雖然受到種種不公平對待，但他從不怨恨，因為他知道怨恨是最無意義的情緒。他只會把眼前的困境當作一種修煉。在狹小的牢房中，他每天都在回想宮本老師的教導，不斷磨練自己。
零不在的日子裡，除了班長，最期待再次見到零的就是瑪莎。他是個武痴，上次輸給零後，這段時間一直苦苦修煉，想著等零出來就再次向他挑戰。
志野先生負傷後也被校長視為叛黨關押起來，就在零旁邊的牢房。雖然她看起來消瘦不少，但意志依然非常堅定。
每天夜裡，她都會和零聊天。她告訴零：「雖然我們匿名者是地下組織，所有事情都要聽命行事，但我們也有自己的思想，不能盲從長官。心裡要牢記匿名者的格言——『嚴懲惡人，不作惡。』我們絕不能淪為惡人的武器。」
零問：「何為惡人？我們要如何判別？」
志野先生笑了笑：「你會問問題，就已經開始思考了。就像蘇格拉底說的惡來自無知，用自己的心去判斷。雖然不一定完全正確，但至少是自己認為對的事。在任何地方，政治都是黑暗的。只要有權力，就不可能有絕對的公義。你要記住，不要淪為別人的武器，將來甚至連匿名者都有可能變成他人的武器。」
零這段時間聽了許多志野先生的教誨，卻依然不明白自己該如何抉擇，或者說是害怕——害怕自己做出錯誤的選擇，給大家帶來不必要的傷害。畢竟他體內還背負著邪王炎殺之術的力量。
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