叛亂過後，對學員來說簡直度日如年。不過大家終於快熬出頭了，因為伊賀忍者村即將舉行畢業考試。由於這次叛亂造成許多學生死亡，畢業限額有所放寬。
原本田中不想讓零參加考試，但鬼塚準人親自打電話給他，要求讓零參與。這是鬼塚大人的意思，田中就算不情願也沒有辦法。如果零在考試中表現優異，很可能會被鬼塚看中。田中不希望零將來身不由己成為鬼塚的武器，因此故意在考試前一天才將零放出來，讓他沒有準備時間。
就這樣，零在考試前一天被釋放。他一走出監牢，刺眼的陽光讓他幾乎無法睜開眼睛。適應了好一會兒，他才開始朝三班方向走去。再次呼吸到自由的空氣，感覺真好。經過長時間的關押，零身上已滿是傷痕。
如今伊賀忍者村的言論管控極其嚴格，零被釋放的消息並沒有傳開。他獨自在忍者村中行走，這裡變得冷清許多。以前學員休息時互相聊天打鬧的景象已不復存在，到處都能看到衛兵巡邏。
「喂！」
突然後方有兩個男人叫住零。他回頭一看，對方似乎是新來的學員，並不認識。那兩人見零身材瘦小，便想找麻煩：「靚女，妳是哪班的？怎麼以前沒見過？」
零看了他們一眼，沒有理會，轉身繼續往前走。那兩人卻上前圍住他：「問妳話不回答，是不是想死啊？」
零只冷冷地說了一句：「讓開。」
那兩人頓時火冒三丈，揮拳就要攻擊。就在此時，身後傳來班長的聲音：「我要是你們，就不會去招惹三班的零。」
話音剛落，從四面八方走出許多學員，將那兩人團團圍住。這些學員來自不同班級，大多是參與過那場叛亂的人。他們心裡清楚，零是替他們坐牢的。
那兩人聽到「零」這個名字，雖然沒見過本人，但也略有耳聞，連忙說道：「原來是零大哥，我們多有得罪，請見諒！我們是新來六班的學員。」
班長走過來趕走那兩人，對零說：「零，為了能來接你，我可是花了不少錢，才從一班的煉嘴裡買到你出獄的時間。不過還是晚了一點。」
零看著班長，不知該說什麼好。班長帶領前來迎接零的學員向他深深鞠躬，然後讓大家先散去：「現在士兵巡查得很嚴，我們不能聚集，尤其是跨班聚集。但今天大家一定要來迎接你，就是為了向你鞠躬道謝。」
他們離開後，零問班長：「考試是什麼時候？」
「就是明天啊，看來你連準備的時間都沒有了。」班長笑了笑，「田中先生這次真的是故意整你。」
零不以為然地說：「我隨時都準備好了。」
第二日，天氣陰沉沉的，似乎隨時會下雨。大家都非常緊張，因為這是決定能否畢業的最終綜合考試。
一開始是筆試（忍術理論知識）、忍術實際操控考試，以及分組搏鬥考試。這些分數會與平時成績加總，得出最終平均分，決定是否能畢業。
完成前幾項考試後，所有班級集合在操場上。這次沒有按班級分開，所有人聚集在一起，準備迎接最後一項考試。
操場中心搭起一座高台，校長田中先生站在上面對大家宣布：「各位學員，今天是你們的最後一場考試。你們將五人一隊，模擬真實的匿名者任務。目標是奪取目標佩戴的紅色面具。本次成績將與之前的任務分數疊加，得出最終總分。注意，這次考試使用的是真正武器，所有人都必須簽署生死同意書。若在考試中不幸喪生，學校不負任何責任。不想簽署者將失去本次考試資格。如果你們明顯佔上風，目標會主動認輸並交出面具，盡量降低傷害。但刀劍無眼，各位好自為之。」
眾人聽完紛紛議論起來。這場考試有可能喪命，一些成績較差、原本就沒機會畢業的學生開始打退堂鼓。
這時柳生先生上前說道：「如果沒有問題，大家排隊簽署生死同意書。簽好的人請到左側集合。每人身上會貼一個號碼，你們這次的隊友是隨機抽選的。」
班長對大家說：「走吧，我們都去報名。」
奈良有些猶豫：「以我的成績，還是不搏了吧。剛才幾場考試我就已經覺得自己很糟糕了。」
毒蛇拍拍他：「怎麼了奈良？運氣好的話，你還是有機會畢業的啊。」
「可是運氣不好連命都沒了……這樣的話，我寧可不畢業。」奈良一邊後退一邊說。
「毒蛇，你別逼奈良了，這種事不能勉強。」班長嚴肅地說。
這時皐月湊過來：「奈良不去我能理解，但瑪莎成績這麼好，基本上不參加這次考試都能畢業，為什麼還要去簽生死同意書呢？」
奈良笑道：「妳都說他成績好了，那還怕什麼？死的肯定不是他啊。」
「那可不一定。上次瑪莎不就被零擊傷了嗎？那次差一點就死了。如果零用的不是那麼容易斷的木刀，肋骨刺進肺部就完了。現在想想還有些後怕呢。」皐月拍拍胸口說。
奈良點頭：「所以說人不能逞強啊。」
毒蛇嘲笑他：「奈良，你看看沙暴，分數比你高不了多少，他都去簽了。」
奈良搖搖手：「不管怎樣，祝你們好運。」
之後零和班長等人也去簽署了生死同意書。簽完後每人會得到一個編號，零抽到的是15號。
所有人都簽完後，開始抽籤組隊。最終零與十班的楓葉、二班的彩香、六班的暗月，以及自己班的詩織組成一隊。
詩織能和零一隊，心裡十分興奮，但她個性內向，沒有表現出來。
這種隨機組隊的用意，就是打亂大家原本的默契，讓他們面對更多變數的實戰。
所有人分好隊後，柳生先生帶著所有參加考試的隊伍來到一間，像倉庫一般的房間。裡面擺滿各種武器，除了傳統的忍者刀、苦無、手裏劍，竟然還有現代武器：手槍、狙擊槍和衝鋒槍。這些是對自身法術不自信的學員的必選武器，但子彈有限，每人只提供三個彈夾。而手裏劍和苦無等可以回收重複使用。
每人限拿三種攻擊武器和兩種輔助工具。零選擇了忍者刀、苦無、手裏劍作為攻擊武器，輔助工具則選了五色米和目潰。（目潰是向敵人眼睛灑出的白色粉末，能造成強烈刺痛。）
詩織（28號）選擇了裝滿毒液的貓爪、指刺和苦無，輔助工具是鎖分銅與閃光彈。
暗月（9號）選擇了雙鐮刀加鎖鐮，這是暗殺中極好用的武器之一。
彩香（34號）選擇了吹箭、各種毒藥，以及一把帶消音器的狙擊槍，一看就知道是擅長遠程偷襲的類型。
楓葉（57號）除了苦無，其他都選擇現代武器，明顯對自己缺乏自信。
選完武器後，各隊依次進入樹林。進入後必須先隱藏自己，再尋找戴著紅色面具的目標。
忍道與武士道有很大差別。忍者通常小隊行動，利用毒藥、偷襲、暗殺等方式除掉遠比自己強大的對手。而武士道講究光明磊落的一對一決鬥。從這點來看，瑪莎更像一名武士。
瑪莎幾乎沒有留意自己的隊友。因為即使這次考試不得分，他也已確保能畢業。他參加考試的目的只有一個——再次與零決鬥。
班長則與沙暴、皐月、一班的煉以及九班的明智組成一隊。煉一見到明智，就打聽九班的情況。自從志野先生被捕後，九班受到最嚴格的管控，就連煉都打聽不到任何消息。
校長害怕九班造反，因為志野先生的學生多少會受她思想影響，因此對九班施行最嚴厲的管控，甚至寢室都有士兵把守，只要有人竊竊私語就會被抓去審訊。
至於發動叛亂的八班，幾乎只剩下幾個學生，不是戰死就是被關押。因此八班被取消，與九班合併，這也是九班被嚴控的原因。
零習慣躲藏在高處，但楓葉不肯上去：「零，你爬那麼高，萬一被發現不容易逃跑。就算你身手好能做到，但像我們這些身手差的就很難了。」
暗月也同意：「站得高只適合偵查，暗殺還是樹叢更實用。」
彩香笑道：「當然是居高臨下才有勝算，遠距離擊殺的感覺才完美。」
見識過零實力的詩織說：「我聽零的，你說怎麼做，我就盡力配合。」此時的詩織對零的決定非常信服，雖然她不善言辭，表面裝得淡定，但其實早已墜入愛河。
大家意見不統一，零只好說：「既然有分歧，我們就分成兩隊行動。哪邊發現目標，就用苦無做記號通知對方。」
暗月點頭：「這個方法不錯。那我和楓葉在地面行動。」
彩香和詩織跟隨零用苦無爬上樹。他們三人一邊觀察樹林動向，一邊在樹梢間穿梭，很快進入樹林中心區域。地面上的暗月和楓葉也跟著前進，他們清楚失去夥伴支援，考試必定失敗。
突然，零向大家做出小心手勢，並投擲手裏劍到下方提醒暗月他們。仔細一看，前方布滿極細的鋼絲，顯然是陷阱。
詩織對零說：「我嗅到前面有人的氣味，大家要小心。」
彩香立即舉起狙擊槍，透過瞄準鏡觀察，最後鎖定遠處：「我看到那個方向有人影。這裡密佈機關，很可能目標就在裡面。」
零看著這些機關皺眉：「我不明白，為什麼要把機關設計得這麼明顯？這不是等於告訴別人目標在這裡嗎？」
就在這時，另一隊人也來到此處。零立刻打手勢叫大家隱蔽。地面上的暗月和楓葉見狀，也趕緊躲起來。
暗月小聲說：「零到底在想什麼？我們應該趁機剷除對手，不然會被他們捷足先登。這個目標明明是我們先發現的。」
楓葉搖頭：「你說得簡單，要是殺不了他們，我們不就暴露了？」
「你這個膽小鬼，我說的是暗殺。」暗月說完拿出雙鐮刀。
楓葉急忙拉住他：「你別亂來，暗月，我們還是聽零的吧。」
暗月拍開他的手：「少來了，零那個囚犯憑什麼指揮我？放心，我不會亂來的，你就等著看好戲吧。」
零他們在樹上隱蔽好後，一直監視著剛來的那隊學員。那隊人也發現了陷阱，小心翼翼地跨過鋼絲，緩緩朝遠處的人影移動。
這時彩香突然發現暗月竟然尾隨在那隊人身後，小聲說：「暗月他瘋了嗎？難道沒看到零的手勢？」
「他可能是故意的，我們隨機應變。」零冷靜回答。
暗月拿著雙鐮刀，悄悄接近走在最後的一人，突然發動攻擊。速度之快令人驚訝，鐮刀一割穿對方脖子，立刻將人拖進草叢。
「什麼？暗月這傢伙竟然擅自殺人！」詩織驚訝地說。
彩香問零：「現在怎麼辦？要下去援助他嗎？」
「不要急，再觀察形勢。」零冷靜回答。
暗月得手後十分興奮，盯上第二個目標。就在他準備再次動手時，卻被對方識破。他立刻轉身逃跑，但這裡布滿機關，根本無路可逃。
對方發現隊友被殺，怒火中燒。此時彩香說：「零，他們有四個人，我一開槍就會暴露，現在怎麼辦？」
零立即道：「他們發現暗月，一定知道附近有他的隊友，所以我們必須先發制人。」
話音剛落，彩香扣下扳機。與此同時，零和詩織衝了下去。詩織先去與楓葉匯合，零則直奔暗月方向。
這一槍擊中了對方最高大的那人——五班班長凱。但中槍的卻是一截木頭，凱使用替身術消失了。彩香知道不妙，立刻跳樹逃生，緊接著她原先所在的樹木發生爆炸，還好她及時躲開。
零身手敏捷，即使在布滿鋼絲的陷阱中依然健步如飛。他靈活避開所有機關，朝目標奔去。
對方不管三七二十一，直接一刀刺向暗月。就在刀要刺入的瞬間，零及時趕到，用忍者刀將對方武器直接斬斷，形成了二對三的局面。
彩香跳下樹後，凱突然從她身後出現，一腳將她踢飛。這名對手極為強大。詩織和楓葉趕來與彩香一同迎敵，但楓葉其實非常害怕，他知道自己實在太弱了。
凱放鬆了一下肩膀關節，冷笑道：「你們這些弱者，竟然還敢主動挑釁，真是不自量力。」
「你先看清楚誰處於弱勢再說！」凱回頭一看，竟然發現自己的所有隊友已全部死亡。
「零果然名不虛傳，刀法如此厲害。看來我已無勝算，這個目標讓給你們吧。」凱說完投擲一枚煙霧彈，迅速逃離。
「他什麼意思？我和零都殺了兩個人，為什麼他只說零厲害？」暗月自語道。
零轉身對他說：「我殺的人都是威脅我們生命的人，而你是主動暗殺，就算對方求饒你也不放過。」
「零，不要以為你打傷幾個護衛兵團的人就了不起，我可是要加入刺殺兵團的！」暗月耀武揚威地說。
零沒有理會他，招手叫其他人過來。詩織他們小心跨過鋼絲匯合。零對大家說：「我總覺得這裡有問題。這些機關做得這麼明顯，可能有詐，千萬不要輕舉妄動。」
暗月忍不住笑了兩聲：「零，你害怕就在這裡等著，我一個人去暗殺目標。」
「暗月，你不要總是單獨行動，剛才你差點就死了。」彩香指責道。
這時詩織從死去的四名學員身上取下號碼：「希望考試結束後，學校能找回他們的屍首。」
暗月舔了舔鐮刀上的血跡：「你們就等著看好戲吧。」說完便繼續朝那個人影潛行。
然而就在這時，那個人影突然移動，飛快地跑向森林深處。零心生不好的預感，立刻叫大家離開這裡。還好反應夠快，所有人在機關發動前一刻撤離。緊接著身後像暴風雨般飛出大量毒刺。雖然大家都逃了出來，但動作稍慢的楓葉手臂還是中了一根毒針。
楓葉感到頭暈目眩。零幫他拔出毒針，但毒液已進入血液，在目前環境下根本無法救治。
暗月一邊追那個人影一邊喊：「殺了他吧，這人是個負累！」
楓葉已經無法行動，躺在地上淚流滿面地說：「零……我不想死，可以嗎？」
伊賀忍者村在教學中一直培訓學員要狠心，一般出手都是直接攻擊要害。若有隊友受重傷，多半會直接了結對方，一來不會拖累行動，二來死人不會洩漏秘密。
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